2001年10月，为适应中国疾控机构改革转型的迫切需要，改变卫生应急人才严重缺乏的严峻局面，原国家卫生部参考国际上应用型流行病学骨干人才培训的成功经验和模式，启动了中国现场流行病学培训项目（简称CFETP）。CFETP采用国际通行的两年制全脱产培训，一直以来，生源和毕业生主要集中在我国东、中部发达地区，西部地区12个省和海南省参加培训人员数量偏少。

为了加强西部地区疾控体系能力建设，尽快提升西部地区各省（自治区、直辖市）疾控机构传染病监测、暴发调查处置和重点传染病干预的技术能力，经国家卫生计生委批准立项，中国疾控中心依托CFETP，设立西部地区现场流行病学培训专项（简称西部地区FETP），专门针对西部地区省级和地市级疾控机构培训应用型流行病学骨干人员，为西部地区“健康中国”建设和国家“一带一路”倡议的顺利实施发挥卫生保障作用。