中心内设9个处级部门,其中中心办公室、组织人事处(党办、工会、团委)、计划财务处、科研信息处等4个管理职能部门;传染病预防控制所、食品安全风险监测评估所、公共卫生研究所、热带病与慢性病预防控制所、检验检测所等5个业务部门。